A Superintendência de Infraestrutura foi constituída por meio da Portaria nº 932, de 18 de fevereiro de 2011 - Ufopa, na qual foi nomeado o primeiro Superintendente, Administrador Jorge Tribuzy Neto. Cabe ressaltar que, como herança da Universidade Federal do Pará, a Ufopa permaneceu utilizando o modelo de prefeitura universitária para o gerenciamento da infraestrutura da universidade, durante o ano de 2010, tendo como princípio norteador o atendimento das demandas de serviço das demais unidades. Porém após estudo realizado sobre as estruturas organizacionais de outras Universidades Federais do país e visando descentralizar a educação superior na Amazônia, a Administração Superior entendeu que a Sinfra seria fundamental para garantir que as condições físicas da universidade atendessem a esse objetivo. O setor, que primeiramente foi implantado na unidade Rondon, era composto por três diretorias: Diretoria de Obras e Projetos, Diretoria de Gestão de Espaços e Diretoria de Segurança. Atual o setor é formado pelo Gabinete da Superintendência, pela Diretoria de Engenharia, Diretoria de Gestão Ambiental e pela Assessoria de Gestão de Espaços. Em 2012, a Sinfra teve sua localização transferida para o prédio do antigo hotel Amazônia Boulevard, situado na Avenida Mendonça Furtado, em Santarém-Pa. Com a desocupação total da edificação mencionada, em 09 de julho de 2021, após trabalho realizado pela Superintendência para que a Ufopa saísse dos prédios alugados e ocupasse seus próprios espaços, a Sinfra foi realocada para o Bloco 03 na Unidade Tapajós, onde tem permanecido desde então. Desde sua constituição, a unidade foi gerenciada por seis Superintendentes: Jorge Tribuzy Neto (fevereiro/2011 a março/2013), Paulo Celso Pinheiro Sette Câmara Filho (março/2013 a dezembro/2013), Alessandro Santos de Araujo, em dois momentos (dezembro/2013 a junho/2014 e fevereiro/2015 a março/2017), Luciana Lavareda Rodrigues (junho/2014 a fevereiro/2015), Reynaldo Pereira Serrão (março/2017 a abril/2018) e Vitor Marques Viana, que é o atual Superintendente, desde abril de 2018.
